Downloads miRCarta

Download files for miRCarta v1.1

organism taxonomy ID GFF3 file fasta precursor fasta miRNA
Acyrthosiphon pisum 7029 api.gff3 api_precursors.fa api_mirnas.fa
Aedes aegypti 7159 aae.gff3 aae_precursors.fa aae_mirnas.fa
Aegilops tauschii 37682 ata.gff3 ata_precursors.fa ata_mirnas.fa
Amborella trichopoda 13333 atr.gff3 atr_precursors.fa atr_mirnas.fa
Amphimedon queenslandica 400682 aqu.gff3 aqu_precursors.fa aqu_mirnas.fa
Anolis carolinensis 28377 aca.gff3 aca_precursors.fa aca_mirnas.fa
Anopheles gambiae 7165 aga.gff3 aga_precursors.fa aga_mirnas.fa
Apis mellifera 7460 ame.gff3 ame_precursors.fa ame_mirnas.fa
Arabidopsis lyrata 59689 aly.gff3 aly_precursors.fa aly_mirnas.fa
Arabidopsis thaliana 3702 ath.gff3 ath_precursors.fa ath_mirnas.fa
Ascaris suum 6253 asu.gff3 asu_precursors.fa asu_mirnas.fa
Bombyx mori 7091 bmo.gff3 bmo_precursors.fa bmo_mirnas.fa
Bos taurus 9913 bta.gff3 bta_precursors.fa bta_mirnas.fa
Brachypodium distachyon 15368 bdi.gff3 bdi_precursors.fa bdi_mirnas.fa
Branchiostoma belcheri 7741 bbe.gff3 bbe_precursors.fa bbe_mirnas.fa
Branchiostoma floridae 7739 bfl.gff3 bfl_precursors.fa bfl_mirnas.fa
Brassica napus 3708 bna.gff3 bna_precursors.fa bna_mirnas.fa
Brassica oleracea 3712 bol.gff3 bol_precursors.fa bol_mirnas.fa
Brassica rapa 3711 bra.gff3 bra_precursors.fa bra_mirnas.fa
Brugia malayi 6279 bma.gff3 bma_precursors.fa bma_mirnas.fa
Caenorhabditis brenneri 135651 cbn.gff3 cbn_precursors.fa cbn_mirnas.fa
Caenorhabditis briggsae 6238 cbr.gff3 cbr_precursors.fa cbr_mirnas.fa
Caenorhabditis elegans 6239 cel.gff3 cel_precursors.fa cel_mirnas.fa
Caenorhabditis remanei 31234 crm.gff3 crm_precursors.fa crm_mirnas.fa
Canis familiaris 9615 cfa.gff3 cfa_precursors.fa cfa_mirnas.fa
Capitella teleta 283909 cte.gff3 cte_precursors.fa cte_mirnas.fa
Capra hircus 9925 chi.gff3 chi_precursors.fa chi_mirnas.fa
Carica papaya 3649 cpa.gff3 cpa_precursors.fa cpa_mirnas.fa
Chlamydomonas reinhardtii 3055 cre.gff3 cre_precursors.fa cre_mirnas.fa
Ciona intestinalis 7719 cin.gff3 cin_precursors.fa cin_mirnas.fa
Ciona savignyi 51511 csa.gff3 csa_precursors.fa csa_mirnas.fa
Citrus clementina 85681 ccl.gff3 ccl_precursors.fa ccl_mirnas.fa
Citrus sinensis 2711 csi.gff3 csi_precursors.fa csi_mirnas.fa
Cricetulus griseus 10029 cgr.gff3 cgr_precursors.fa cgr_mirnas.fa
Cucumis melo 3656 cme.gff3 cme_precursors.fa cme_mirnas.fa
Culex quinquefasciatus 7176 cqu.gff3 cqu_precursors.fa cqu_mirnas.fa
Cyprinus carpio 7962 ccr.gff3 ccr_precursors.fa ccr_mirnas.fa
Danio rerio 7955 dre.gff3 dre_precursors.fa dre_mirnas.fa
Daphnia pulex 6669 dpu.gff3 dpu_precursors.fa dpu_mirnas.fa
Dictyostelium discoideum 44689 ddi.gff3 ddi_precursors.fa ddi_mirnas.fa
Drosophila ananassae 7217 dan.gff3 dan_precursors.fa dan_mirnas.fa
Drosophila erecta 7220 der.gff3 der_precursors.fa der_mirnas.fa
Drosophila grimshawi 7222 dgr.gff3 dgr_precursors.fa dgr_mirnas.fa
Drosophila melanogaster 7227 dme.gff3 dme_precursors.fa dme_mirnas.fa
Drosophila mojavensis 7230 dmo.gff3 dmo_precursors.fa dmo_mirnas.fa
Drosophila persimilis 7234 dpe.gff3 dpe_precursors.fa dpe_mirnas.fa
Drosophila pseudoobscura 7237 dps.gff3 dps_precursors.fa dps_mirnas.fa
Drosophila sechellia 7238 dse.gff3 dse_precursors.fa dse_mirnas.fa
Drosophila simulans 7240 dsi.gff3 dsi_precursors.fa dsi_mirnas.fa
Drosophila virilis 7244 dvi.gff3 dvi_precursors.fa dvi_mirnas.fa
Drosophila willistoni 7260 dwi.gff3 dwi_precursors.fa dwi_mirnas.fa
Drosophila yakuba 7245 dya.gff3 dya_precursors.fa dya_mirnas.fa
Echinococcus granulosus 6210 egr.gff3 egr_precursors.fa egr_mirnas.fa
Echinococcus multilocularis 6211 emu.gff3 emu_precursors.fa emu_mirnas.fa
Ectocarpus siliculosus 2880 esi.gff3 esi_precursors.fa esi_mirnas.fa
Eptesicus fuscus 29078 efu.gff3 efu_precursors.fa efu_mirnas.fa
Equus caballus 9796 eca.gff3 eca_precursors.fa eca_mirnas.fa
Fugu rubripes 31033 fru.gff3 fru_precursors.fa fru_mirnas.fa
Gallus gallus 9031 gga.gff3 gga_precursors.fa gga_mirnas.fa
Glycine max 3847 gma.gff3 gma_precursors.fa gma_mirnas.fa
Glycine soja 3848 gso.gff3 gso_precursors.fa gso_mirnas.fa
Gorilla gorilla 9593 ggo.gff3 ggo_precursors.fa ggo_mirnas.fa
Gossypium arboreum 29729 gar.gff3 gar_precursors.fa gar_mirnas.fa
Gossypium hirsutum 3635 ghr.gff3 ghr_precursors.fa ghr_mirnas.fa
Gossypium raimondii 29730 gra.gff3 gra_precursors.fa gra_mirnas.fa
Gyrodactylus salaris 37629 gsa.gff3 gsa_precursors.fa gsa_mirnas.fa
Haemonchus contortus 6289 hco.gff3 hco_precursors.fa hco_mirnas.fa
Helianthus annuus 4232 han.gff3 han_precursors.fa han_mirnas.fa
Heliconius melpomene 34740 hme.gff3 hme_precursors.fa hme_mirnas.fa
Hevea brasiliensis 3981 hbr.gff3 hbr_precursors.fa hbr_mirnas.fa
Homo sapiens 9606 hsa.gff3 hsa_precursors.fa hsa_mirnas.fa
Hordeum vulgare 4513 hvu.gff3 hvu_precursors.fa hvu_mirnas.fa
Human immunodeficiency virus 1 11676 hiv1.gff3 hiv1_precursors.fa hiv1_mirnas.fa
Ictalurus punctatus 7998 ipu.gff3 ipu_precursors.fa ipu_mirnas.fa
Ixodes scapularis 6945 isc.gff3 isc_precursors.fa isc_mirnas.fa
Linum usitatissimum 4006 lus.gff3 lus_precursors.fa lus_mirnas.fa
Locusta migratoria 7004 lmi.gff3 lmi_precursors.fa lmi_mirnas.fa
Lottia gigantea 225164 lgi.gff3 lgi_precursors.fa lgi_mirnas.fa
Lotus japonicus 34305 lja.gff3 lja_precursors.fa lja_mirnas.fa
Lytechinus variegatus 7654 lva.gff3 lva_precursors.fa lva_mirnas.fa
Macaca mulatta 9544 mml.gff3 mml_precursors.fa mml_mirnas.fa
Macaca nemestrina 9545 mne.gff3 mne_precursors.fa mne_mirnas.fa
Macropus eugenii 9315 meu.gff3 meu_precursors.fa meu_mirnas.fa
Malus domestica 3750 mdm.gff3 mdm_precursors.fa mdm_mirnas.fa
Manduca sexta 7130 mse.gff3 mse_precursors.fa mse_mirnas.fa
Manihot esculenta 3983 mes.gff3 mes_precursors.fa mes_mirnas.fa
Medicago truncatula 3880 mtr.gff3 mtr_precursors.fa mtr_mirnas.fa
Monodelphis domestica 13616 mdo.gff3 mdo_precursors.fa mdo_mirnas.fa
Mus musculus 10090 mmu.gff3 mmu_precursors.fa mmu_mirnas.fa
Nasonia giraulti 7426 ngi.gff3 ngi_precursors.fa ngi_mirnas.fa
Nasonia longicornis 7427 nlo.gff3 nlo_precursors.fa nlo_mirnas.fa
Nasonia vitripennis 7425 nvi.gff3 nvi_precursors.fa nvi_mirnas.fa
Nematostella vectensis 45351 nve.gff3 nve_precursors.fa nve_mirnas.fa
Nicotiana tabacum 4097 nta.gff3 nta_precursors.fa nta_mirnas.fa
Oikopleura dioica 34765 odi.gff3 odi_precursors.fa odi_mirnas.fa
Ophiophagus hannah 8665 oha.gff3 oha_precursors.fa oha_mirnas.fa
Ornithorhynchus anatinus 9258 oan.gff3 oan_precursors.fa oan_mirnas.fa
Oryctolagus cuniculus 9986 ocu.gff3 ocu_precursors.fa ocu_mirnas.fa
Oryza sativa 4530 osa.gff3 osa_precursors.fa osa_mirnas.fa
Oryzias latipes 8090 ola.gff3 ola_precursors.fa ola_mirnas.fa
Ovis aries 9940 oar.gff3 oar_precursors.fa oar_mirnas.fa
Pan paniscus 9597 ppa.gff3 ppa_precursors.fa ppa_mirnas.fa
Pan troglodytes 9598 ptr.gff3 ptr_precursors.fa ptr_mirnas.fa
Panagrellus redivivus 6233 prd.gff3 prd_precursors.fa prd_mirnas.fa
Paralichthys olivaceus 8255 pol.gff3 pol_precursors.fa pol_mirnas.fa
Patiria miniata 46514 pmi.gff3 pmi_precursors.fa pmi_mirnas.fa
Petromyzon marinus 7757 pma.gff3 pma_precursors.fa pma_mirnas.fa
Phaeodactylum tricornutum 2850 pti.gff3 pti_precursors.fa pti_mirnas.fa
Phaseolus vulgaris 3885 pvu.gff3 pvu_precursors.fa pvu_mirnas.fa
Physcomitrella patens 3218 ppt.gff3 ppt_precursors.fa ppt_mirnas.fa
Phytophthora infestans 4787 pin.gff3 pin_precursors.fa pin_mirnas.fa
Phytophthora ramorum 164328 pra.gff3 pra_precursors.fa pra_mirnas.fa
Phytophthora sojae 67593 psj.gff3 psj_precursors.fa psj_mirnas.fa
Plutella xylostella 51655 pxy.gff3 pxy_precursors.fa pxy_mirnas.fa
Pongo abelii 9601 ppy.gff3 ppy_precursors.fa ppy_mirnas.fa
Populus trichocarpa 3694 ptc.gff3 ptc_precursors.fa ptc_mirnas.fa
Pristionchus pacificus 54126 ppc.gff3 ppc_precursors.fa ppc_mirnas.fa
Prunus persica 3760 ppe.gff3 ppe_precursors.fa ppe_mirnas.fa
Pygathrix bieti 61621 pbi.gff3 pbi_precursors.fa pbi_mirnas.fa
Rattus norvegicus 10116 rno.gff3 rno_precursors.fa rno_mirnas.fa
Rhipicephalus microplus 6941 rmi.gff3 rmi_precursors.fa rmi_mirnas.fa
Ricinus communis 3988 rco.gff3 rco_precursors.fa rco_mirnas.fa
Saccoglossus kowalevskii 10224 sko.gff3 sko_precursors.fa sko_mirnas.fa
Salmo salar 8030 ssa.gff3 ssa_precursors.fa ssa_mirnas.fa
Sarcophilus harrisii 9305 sha.gff3 sha_precursors.fa sha_mirnas.fa
Schistosoma japonicum 6182 sja.gff3 sja_precursors.fa sja_mirnas.fa
Schistosoma mansoni 6183 sma.gff3 sma_precursors.fa sma_mirnas.fa
Schmidtea mediterranea 79327 sme.gff3 sme_precursors.fa sme_mirnas.fa
Selaginella moellendorffii 88036 smo.gff3 smo_precursors.fa smo_mirnas.fa
Solanum lycopersicum 4081 sly.gff3 sly_precursors.fa sly_mirnas.fa
Solanum tuberosum 4113 stu.gff3 stu_precursors.fa stu_mirnas.fa
Sorghum bicolor 4558 sbi.gff3 sbi_precursors.fa sbi_mirnas.fa
Strigamia maritima 126957 smr.gff3 smr_precursors.fa smr_mirnas.fa
Strongylocentrotus purpuratus 7668 spu.gff3 spu_precursors.fa spu_mirnas.fa
Strongyloides ratti 34506 str.gff3 str_precursors.fa str_mirnas.fa
Sus scrofa 9823 ssc.gff3 ssc_precursors.fa ssc_mirnas.fa
Taeniopygia guttata 59729 tgu.gff3 tgu_precursors.fa tgu_mirnas.fa
Tetranychus urticae 32264 tur.gff3 tur_precursors.fa tur_mirnas.fa
Tetraodon nigroviridis 99883 tni.gff3 tni_precursors.fa tni_mirnas.fa
Theobroma cacao 3641 tcc.gff3 tcc_precursors.fa tcc_mirnas.fa
Tribolium castaneum 7070 tca.gff3 tca_precursors.fa tca_mirnas.fa
Triticum aestivum 4565 tae.gff3 tae_precursors.fa tae_mirnas.fa
Tupaia chinensis 246437 tch.gff3 tch_precursors.fa tch_mirnas.fa
Vigna unguiculata 3917 vun.gff3 vun_precursors.fa vun_mirnas.fa
Vitis vinifera 29760 vvi.gff3 vvi_precursors.fa vvi_mirnas.fa
Xenopus laevis 8355 xla.gff3 xla_precursors.fa xla_mirnas.fa
Xenopus tropicalis 8364 xtr.gff3 xtr_precursors.fa xtr_mirnas.fa
Zea mays 4577 zma.gff3 zma_precursors.fa zma_mirnas.fa